QSB Software
Auf dieser Seite werden die von unserer Gruppe entwickelten und für die wissenschaftliche Forschung verfügbaren Softwaretools detailliert beschrieben.
Alle unsere Tools sind auf unserer GitHub-Seite verfügbar (https://github.com/QuantSysBio).
inSPIRE-Pathogen ist eine benutzerorientierte Software-Suite, die für die schnelle, empfindliche und zuverlässige Identifizierung von Pathogen-abgeleiteten Epitopkandidaten entwickelt wurde, die mittels Massenspektrometrie in MHC-Klasse-I-Immunpeptidomen nachgewiesen wurden.
Klicken Sie auf den Link, um eine Demo des Tools in Aktion zu sehen.
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aSPIRE ist ein Tool, das eine relatve Quantifizierung und Analyse von gespleißten und nicht gespleißten Peptiden ermöglicht, die durch den In-vitro-Verdau von Proteinen mit gereinigtem Proteasom entstehen. inSPIRE 1.5 ist eine aktualisierte und verbesserte Version von inSPIRE, die eine robuste Identifizierung von gespleißten und nicht gespleißten Peptiden in diesem Kontext ermöglicht.
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invitroSPI ist ein Tool zur Identifizierung gespleißter und ungespleißter Peptide aus der Polypeptidverdauung in vitro.
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inSPIRE ist eine flexible und leistungsstarke Open-Source-Rescoring-Pipeline, die auf der Spektralvorhersage von Prosit MS basiert und mit gängigen Datenbanksuchmaschinen kompatibel ist.
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iBench ist ein bioinformatisches Tool, das Ground-Truth-Proteomik-Datensätze erstellen kann, auf deren Grundlage verschiedene Proteomik-Strategien getestet und deren Leistungen eingeschätzt werden können.
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