Facility für Massenspektrometrie
Die Core Facility Massenspektrometrie, als Teil der Forschungsgruppe Bioanalytische Massenspektrometrie, bietet ein Portfolio verschiedener Protein- und Peptidanalysen als Service an:
- Molekülmassenbestimmung intakter Proteine oder Oligonucleotide
- enzymatischer Verdau von Proteinen in-Gel oder in Lösung
- Auftrennung komplexer Peptidgemische mittels Reversed Phase (RP) HPLC bei basischem pH
- Proteinidentifizierung in komplexen Proben mittels LC/MS/MS
- relative und absolute Proteinquantifizierung in komplexen Proben mittels LC/MS/MS
- Identifizierung (posttranslationaler) Proteinmodifikationen einzelner Proteine aus dem Gel oder in Lösung, gegebenenfalls nach selektiver Anreicherung von z.B. Phosphopeptiden
Unser Service beinhaltet eine entsprechende Projektberatung, die gezielte Auswahl und Durchführung der Probenvorbereitung, die massenspektrometrische Messung, die Datenauswertung und schließlich die Kommunikation der Ergebnisse an die Nutzer*innen.
Für die Datenauswertung halten wir eine Reihe von Softwareangeboten bereit wie beispielsweise Mascot (Matrixscience), Scaffold (Proteome Software), MaxQuant (MPI für Biochemie), MSFragger, Proteome Discoverer (Thermo Fisher Scientific), Peaks (Bioinformatics Solutions), Skyline (University of Washington), DIA-NN (Charité) und Spectronaut (Biognosys).
Wir tauschen Methoden und Arbeitsabläufe regelmäßig mit unserem Labor an der Universitätsmedizin Göttingen (UMG) aus, welches auf biomedizinische Fragestellungen wie z.B. die Proteomanalyse in Geweben oder so genannten liquid biopsies spezialisiert ist.