Methoden und Analyse

 

Nachfolgend liefern wir eine nicht vollständige Liste der Technologien, die in unserer Facility verfügbar sind und in denen wir über Fachwissen verfügen. Diese Liste soll erste Ideen und Anregungen geben – Forschende vom MPI-NAT können uns jederzeit für eine Beratung und weitere Informationen kontaktieren.

1. Proteogenomik:

• Transkriptomik:
  RNA-Sequenzierungsdatenanalyse, Transkriptom-Quantifizierung, Transkriptom-De-novo-Assemblierung, differentielle Genexpression
• Proteomik und Peptidomik:
  Massenspektrometrie (MS)-Datenanalyseansätze, Identifizierung und Quantifizierung von Proteomen, differentielle Proteinexpression, Proteinsequenzanalyse (Anreicherung und Annotation)
• Proteogenomik:
  Integration von Proteomik- und Transkriptomikdaten zur Identifizierung neuer Transkripte, Integration der differentiellen Expression und Häufigkeit zwischen RNA und Proteomik

2. Klassische Bioinformatik:

• Überrepräsentations-/Anreicherungsanalyse, Sequenzanalyse/Motif-Analyse, ML für Sequenzvorhersage (z. B. Klassifikatoren), Netzwerkanalyse, differentielle Zeitreihenanalyse

3. Modellierung:

• Kinetische / mechanistische / computergestützte / statistische Modellierung, deterministische und stochastische Modellierung, Bayes‘sche Inferenz und Modellauswahlansätze, klassische maschinelle Lernverfahren und Deep-Learning-Ansätze, Klassifikatoren / Prädiktoren

4. Biostatistik:

• Unterstützung bei allgemeinen statistischen Fragen, Statistik für die Datenanalyse, biometrische Berechnung der Stichprobengröße