Publikationen von B. de Groot

Konferenzbeitrag (39)

181.
Konferenzbeitrag
Gapsys, V.; de Groot, B.: A unified framework for alchemical mutations in proteins, DNA and ligands. 62nd Annual Meeting of the Biophysical-Society, San Francisco, CA, 17. Februar 2018 - 21. Februar 2018. Biophysical Journal 114 (3, Suppl. 1), S. 674a - 674a (2018)
182.
Konferenzbeitrag
Rauscher, S.; Huang, J.; Nawrocki, G.; Ran, T.; Feig, M.; de Groot, B. L.; Mackerell, A. D.; Grubmüller, H.: Structural ensembles of intrinsically disordered proteins using all-atom molecular simulation. 19th IUPAB Congress / 11th EBSA Congress, Edinburgh, Scotland, 16. Juli 2017 - 20. Juli 2017. European Biophysics Journal 46 (Suppl_1), S. S65 - S65 (2017)
183.
Konferenzbeitrag
Huang, J.; Rauscher, S.; Nawrocki, G.; Ran, T.; Feig, M.; de Groot, B. L.; Grubmüller, H.; MacKerell, A. D.: CHARMM36: An improved force field for folded and intrinsically disordered proteins. 61st Annual Meeting of the Biophysical-Society, New Orleans, LA, 11. Februar 2017 - 15. Februar 2017. Biophysical Journal 112 (Suppl 1), 3 Aufl., S. 175a - 176a (2017)
184.
Konferenzbeitrag
Kopec, W.; de Groot, B.: Molecular simulations of ion permeation in potassium channels. 61st Annual Meeting of the Biophysical-Society, New Orleans, LA, 11. Februar 2017 - 15. Februar 2017. Biophysical Journal 112 (Suppl 1), 3 Aufl., S. 163a - 163a (2017)
185.
Konferenzbeitrag
Kutzner, C.; Ullmann, R. T.; de Groot, B. L.; Zachariae, U.; Grubmüller, H.: Ions in action - Studying ion channels by computational electrophysiology in GROMACS. 61st Annual Meeting of the Biophysical-Society, New Orleans, LA, 11. Februar 2017 - 15. Februar 2017. Biophysical Journal 112 (Suppl 1), 3 Aufl., S. 139a - 139a (2017)
186.
Konferenzbeitrag
Brennecke, J. T.; de Groot, B. L.: Mechanosensetivity and symmetry in K2P channels. 60th Annual Meeting of the Biophysical-Society, Los Angeles, CA, 27. Februar 2016 - 02. März 2016. Biophysical Journal 110 (Suppl 1), 3 Aufl., S. 91A - 91A (2016)
187.
Konferenzbeitrag
de Groot, B. L.; Köpfer, D.; Song, C.; Gruene, T.; Sheldrick, G. M.; Zachariae, U.: The molecular dynamics of ion channel permeation, selectivity and gating. 60th Annual Meeting of the Biophysical-Society, Los Angeles, CA, 27. Februar 2016 - 02. März 2016. Biophysical Journal 110 (Suppl 1), 3 Aufl., S. 9A - 9A (2016)
188.
Konferenzbeitrag
Gapsys, V.; Michielssens, S.; Seeliger, D.; de Groot, B. L.: Insights from the first Principles based large scale protein thermostability calculations. 60th Annual Meeting of the Biophysical-Society, Los Angeles, CA, 27. Februar 2016 - 02. März 2016. Biophysical Journal 110 (Suppl 1), 3 Aufl., S. 368A - 368A (2016)
189.
Konferenzbeitrag
Machtens, J. P.; Briones, R.; de Groot, B. L.; Fahlke, C.: Gating charge calculations: Probing voltage-sensing proteins through computational electrophysiology. 60th Annual Meeting of the Biophysical-Society, Los Angeles, CA, 27. Februar 2016 - 02. März 2016. Biophysical Journal 110 (Suppl 1), 3 Aufl., S. 106A - 106A (2016)
190.
Konferenzbeitrag
Rauscher, S.; Gapsys, V.; Zhou, M.; Van, Q.; Gajda, M. J.; Zweckstetter, M.; Enderlein, J.; de Groot, B. L.; Grubmüller, H.: Structural ensembles of intrinsically disordered proteins depend strongly on force field: A comparison to experiment. 60th Annual Meeting of the Biophysical-Society, Los Angeles, CA, 27. Februar 2016 - 02. März 2016. Biophysical Journal 110 (Suppl 1), 3 Aufl., S. 358A - 358A (2016)
191.
Konferenzbeitrag
Smith, C. A.; Mazur, A.; Ban, D.; Becker, S.; Griesinger, C.; Lee, D.; de Groot, B. L.: Allostery through protein motion at different length and time scales. 60th Annual Meeting of the Biophysical-Society, Los Angeles, CA, 27. Februar 2016 - 02. März 2016. Biophysical Journal 110 (Suppl_1), 3 Aufl., S. 221A - 221A (2016)
192.
Konferenzbeitrag
Kaptan, S. S.; Assentoft, M.; Schneider, H. P.; Fenton, R. A.; Deitmer, J. W.; MacAulay, N.; de Groot, B. L.: His 95 acts as a pH gate in Aquaporin-4. Biophysical Journal 108 (Suppl. 1), S. 316a - 316a (2015)
193.
Konferenzbeitrag
Leonov, H.; de Groot, B. L.; Grubmüller, H.: Conformational dynamics and functional asymmetry of ABCE1, a ribosome recycling protein. 59th Annual Meeting of the Biophysical-Society, Baltimore, MD, 07. Februar 2015 - 11. Februar 2015. Biophysical Journal 108 (Supplement 1), S. 512a - 512a (2015)
194.
Konferenzbeitrag
Rauscher, S.; Gapsys, V.; de Groot, B. L.; Grubmüller, H.; H: Structural ensembles of intrinsically disordered proteins using molecular dynamics simulation. Biophysical Journal 108 (Supplement 1), S. 14A - 14A (2015)
195.
Konferenzbeitrag
Smith, C. A.; Ban, D.; Giller, K.; Becker, S.; Griesinger, C.; Lee, D.; de Groot, B.: Microsecond motion modulates ubiquitin binding through an allosteric backbone/side chain network. Biophysical Journal 108 (Supplement 1), S. 184a - 185a (2015)
196.
Konferenzbeitrag
Song, C.; Köpfer, D.; Gruene, T.; Sheldrick, G. M.; Sansom, M. S. P.; Zachariae, U.; de Groot, B. L.: Direct contacts of K+ ions in the selectivity filter enable the high conductance of K+ channels. 59th Annual Meeting of the Biophysical-Society , Baltimore/MD, 07. Februar 2015 - 11. Februar 2015. Biophysical Journal 108 (Supplement 1), S. 129a - 129a (2015)
197.
Konferenzbeitrag
Gapsys, V.; de Groot, B.: Computational thrombin inhibitor optimization. 58th Annual Meeting of the Biophysical-Society, San Francisco, CA, 15. Februar 2014 - 19. Februar 2014. Biophysical Journal 106 (Suppl. 1), 2 Aufl., S. 262a - 263a (2014)
198.
Konferenzbeitrag
Kaptan, S. S.; de Groot, B.: Solute permeation in aquaporin channels. 58th Annual Meeting of the Biophysical-Society , San Francisco, CA, 15. Februar 2014 - 19. Februar 2014. Biophysical Journal 196 (Suppl. 1), S. 663a - 663a (2014)
199.
Konferenzbeitrag
Köpfer, D.; Song, C.; Zachariae, U.; Groot, d.: Ion permeation efficiency through potassium channels. 58th Annual Meeting of the Biophysical-Society, San Francisco, CA, 15. Februar 2014 - 19. Februar 2014. Biophysical Journal 106 (2, Suppl. 1), S. 539a - 539a (2014)
200.
Konferenzbeitrag
Assentoft, M.; Kaptan, S.; Fenton, R.; Hua, S. Z.; de Groot, B.; MacAulay, N.: Phosphorylation of aquaporin-4 at Ser111 is not required for channel gating. 11th European Meeting on Glial Cell Function in Health and Disease, Berlin/Germany, 03. Juli 2013 - 06. Juli 2013. Glia 61 (Supplement 1), S. S205 - S205 (2013)
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